Das Jüdische Museum von Thessaloniki wurde am 13. Mai 2001 eingeweiht. Es wurde von der örtlichen jüdischen Gemeinde gegründet, um die Erinnerung an die langwährende jüdische Präsenz in der Stadt zu bewahren. Neben seiner Dauerausstellung und der Pflege seiner Sammlungen organisiert das Museum Wechselausstellungen, Seminare für Lehrer:innen und wissenschaftliche Fachkonferenzen. Das Museum ist in einem alten Gebäude untergebracht, das der jüdischen Gemeinde von Thessaloniki gehört. Es ist eines der wenigen Gebäude in der Altstadt, das den großen Brand von 1917 überlebt hat. Es wurde Ende der 1990er Jahre restauriert, und seit 2001 wurden drei Flügel des Gebäudes nacheinander dem Museum übergeben (Erweiterungen: 2009 und 2019).